在男性，潜伏期2~14日，通常以尿道轻度不适起病，数小时后出现尿痛和脓性分泌物。当病变扩展至后尿道时可出现尿频，尿急。检查可见脓性黄绿色尿道分泌物，尿道口红肿。

在女性，通常在感染后7~12日开始出现症状，虽然症状一般轻微，但有时开始就很严重，有尿痛，尿频和阴道分泌物。子宫颈和较深部位的生殖器官是最常被感染的部位，其次依次为尿道，直肠，尿道旁腺管和前庭大腺。子宫颈可发红变脆伴有粘液脓性或脓性分泌物。压迫耻骨联合时，可从尿道，尿道旁腺管或前庭大腺挤出脓液。输卵管炎是常见的并发症。

在妇女或男性同性恋者，直肠淋病常见。女性常无症状，但可有肛周症状和直肠分泌物。男性同性恋者，严重直肠感染较常见。病人可以发现粪便包有粘液脓性分泌物，并诉排便或直肠交媾时疼痛。口-生殖器接触所致的淋菌性咽炎通常无症状，但有些病人可诉喉痛和吞咽不适；咽和扁桃体发红，渗出，偶有水肿。

在女性婴儿和青春前期少女，可有外阴部刺激，红斑，水肿伴脓性阴道分泌物及直肠炎。患儿可诉尿痛或排尿困难，家长可发现其内裤有污染。