卵巢囊肿在临床上多表现有小腹疼痛、小腹不适、白带增多、白带色黄、白带异味、月经失常，而且通常小腹内有一个坚实而无痛的肿块，有时性交会发生疼痛。当囊肿影响到激素分泌时，可能出现诸如阴道不规则出血或毛体增多等症状。如果囊肿发生蒂扭转，则有严重腹痛腹胀、呼吸困难、食欲降低、恶心及发热等。较大的囊肿会对膀胱附近造成压迫，引起尿频和排尿困难。尤其当这些症状比较严重、出血频繁且同时出现时，女性患卵巢囊肿的可能性更高，病变恶性卵巢癌的危害就更大。
卵巢囊肿在早期并无明显的临床表现，患者往往因其他疾病就医在行妇科检查时才被发现，以后随着肿瘤的生长，患者有所感觉。其症状与体征因肿瘤的性质大小、发展有无继发变性或并发症而不同.