1.精索静脉曲张：精索静脉曲张时，使睾丸的局部温度升高，血管活性物质增加，从而影响睾丸生精功能，但精索静脉曲张程度与精子质量不成比例。
2.隐睾：隐睾是影响精液质量的重要原因之一。单侧隐睾约60%病人不育，因此若精子密度低，又有隐睾存在，必须及早治疗。、3.泌尿系统感染：附属生殖腺的慢性感染，可以影响精液中的各种化验指标。
4.自身免疫：生殖免疫学研究发现，男性自身免疫可影响生育能力，抗精子抗体可影响精子的产生和运送。
5.内分泌异常：男性正常生精功能依靠于下丘脑-垂体-性腺轴功能的正常，其中任何一个环节障碍，都会影响生精功能，其它如甲状腺、肾上腺疾病也会影响生殖腺功能而致少精子症。
6.染色体异常：染色体畸变对精子密度、活动率及形态均有严重影响。
7.其它：阴囊温度过高，放射损伤，化学毒品及药物影响均可造成少精子症。