子宫大小、形态均可能正常，结核病变大多局限于子宫内膜，主要在宫底部和子宫两角，多半从输卵管管腔下行、扩展而成，少数严重者可累及肌层。早期患者子宫内膜的改变很难与子宫内膜炎鉴别，有时除少数散在的结节外，其余内膜及腺体基本正常。结节周围内膜的葡萄糖含量低，持续在增生期状态，在结节更外围的内膜则有典型的分泌期改变，故月经多无改变。由于内膜周期性脱落，没有足够时间形成广泛而严重的内膜结核灶，干酪化、纤维化以及钙化等现象亦很少见。少数严重病例则可累及肌层，内膜部分或全部破坏，为干酪样组织所替代或形成溃疡，最后发生子宫积脓，子宫内膜功能完全丧失而出现闭经症状。尚有一类少见的增生型内膜结核，宫腔充满干酪样肉芽肿样组织，排出大量浆液性恶臭白带，子宫球形增大，易与宫体癌混淆。