1.导致不孕：生殖器疱疹危害巨大，可以引起其他泌尿系统疾病，是导致男性不孕症的重要因素。

2.心理障碍：从心理上来说，生殖器疱疹的发生和复发会造成病人思想负担过重，病人会出现心理障碍害怕致癌、害怕传染给性伴侣、回避与性伴侣的性生活、不愿与异性交往、导致性功能障碍，影响家庭和睦，甚至发生抑郁症。

3.与其他泌尿系统疾病混合感染：生殖器疱疹常与其他性传播疾病，如淋病、非淋菌性尿道炎、梅毒、尖锐湿疣、滴虫等混合感染故在诊治中应该加以重视。

4.易患艾滋病：在艾滋病流行地区，生殖器疱疹还为艾滋病病毒进入人体提供通道和便利条件，从而增加了患艾滋病的危险性。

5.引起并发症：生殖器疱疹还可以引起播散性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓神经根疾病等一系列并发症。