宫颈上皮内瘤变应与正常化生及亚临床湿疣鉴别。
　　CIN经巴氏宫颈细胞学涂片染色可在显微镜下进行鉴别在细胞学制片中观察单个细胞的改变进行CIN诊断和分级。组织学诊断还可观察到整个组织的其他特征，细胞学评价CIN基于细胞核和细胞质的改变，经常很难判断
 
　所有不典型增生细胞核不同程度增大和形态多样是公认的。另一个主要的特点是核深染核染色体分布不均形成团块状有丝分裂象和核仁较少见。表层或中层细胞出现异常核仁多为低度CIN而附基底层和基底层核仁异常则为高度CIN胞浆量和核大小的关系(核浆比例)是评价CIN级别的最重要依据之一核浆比例增高，CIN级别越高同一张细胞学涂片中经常出现各种变化的细胞，包括有诊断争议的细胞需有经验的细胞学主任鉴别。