造成不孕
正常情况下，阴道内的菌群比较平衡，酸碱度比较均衡（pH值大概在3.8-4.5之间）。这种适宜精子暂时存留、通过的环境，是非常重要的，一旦这种环境被破坏，就容易发生不孕。
如果患了细菌性阴道炎，阴道的pH值会超过4.5，阴道内环境酸碱度的改变会使精子的活动力受到抑制。另外，致病菌会吞噬精子，且患细菌性阴道炎时，阴道内分泌物大量增多，分泌物中含有大量的白细胞，这些都会妨碍精子的成活，使精子数量减少。精子本来数量少、活动度差者，就很有可能引起不孕。另外，一旦炎症上行，感染到宫腔，造成输卵管炎、盆腔炎等，也会造成不孕。当然，如果积极治疗，是可以再次怀孕的。
影响胎儿发育
细菌性阴道炎对于患者自身的危害是可想而知的，除了会给母体的生殖健康造成麻烦外，细菌严重感染的患者还会影响正常的工作和学习。在妊娠期间，这种危害自然增大，因为还会危及到胎儿——轻则引起胎动不安，重则导致早产、流产。据报道，妊娠期罹患细菌性阴道病，发生产褥感染、新生儿感染、新生儿黄疸的百分比大大增加，分别为14.3%、9.5%、23.8%，比正常孕妇高出数倍，直接威胁着胎儿的发育和健康。此外，有学者通过大量的临床观察，认为本病与未足月胎膜早破及其宫内感染有直接关系。很显然，这种情况对优生优育是极其不利的。因此一定要积极治疗。目前传统的治疗方法大多以药物治疗为主，且滥用抗生素的现象十分严重，而大量的抗生素药物可能会造成胎儿畸形、哮喘、湿疹等。